1、消滅範圍不同：消毒是對病原微生物的繁殖體產生致死作用。滅菌是殺滅物體中所有活的微生物。
2、消滅程度不同：消毒只能殺滅一部分病原微生物，如芽孢等微生物殺不死，因此消毒不徹底，不能代替滅菌。滅菌採用強烈的理化因素，使物體的所有微生物永遠喪失生長繁殖能力。
3、方法不同：消毒方法較單一，主要藉助化學物質進行。滅菌方法多樣，多采用物理方法。
高水平消毒：殺滅一切細菌繁殖體包括分枝桿菌、病毒、真菌及其孢子和絕大多數細菌芽孢。達到高水平消毒常用的方法包括採用含氯製劑、二氧化氯、鄰苯二甲醛、過氧乙酸、過氧化氫、臭氧、碘酊等以及能達到滅菌效果的化學消毒劑在規定的條件下，以合適的濃度和有效的作用時間進行消毒的方法。
中水平消毒：殺滅除細菌芽孢以外的各種病原微生物包括分枝桿菌。達到中水平消毒常用的方法包括採用碘類消毒劑（碘伏、氯己定碘等）、醇類和氯己定碘的複方、醇類和季銨鹽類化合物的複方、酚類等消毒劑，在規定條件下，以合適的濃度和有效的作用時間進行消毒的方法。
低水平消毒：能殺滅細菌繁殖體（分枝桿菌除外）和親脂類病毒的化學消毒方法以及通風換氣、沖洗等機械除菌法。如採用季銨鹽類消毒劑（苯扎溴銨等）、雙胍類消毒劑（氯己定）等，在規定的條件下，以合適的濃度和有效的作用時間進行消毒的方法。
