滅菌程度是一次性口罩滅菌與非滅菌的主要區別，雖然兩者都要求在10萬級以上的無菌車間生產的，但是滅菌型口罩的滅菌程度和標準會遠遠大於非滅菌型，且生產滅菌口罩車間的無菌級別會高於非滅菌型。無菌型和非無菌型除最後的滅菌工序外，從原材料到生產工藝要求都是完全相同，其它指標如過濾效率等指標都是同樣要求。
目前，醫用口罩的滅菌都是採用環氧乙烷EO滅菌，環氧乙烷由於易燃易爆且為致癌物，又是呼吸道防護品，必須在EO滅菌後有7-14天的解析器，直至環氧乙烷殘留量降到10ug/g下。
主要是因為在例如ICU、手術室等需嚴格控制微生物環境的醫療場所需要進入的東西都是無菌的，而不至於引發病患的其它細菌型感染。而非無菌不能用在微生物指標有嚴格要求的環境中，但是對於日常公眾的防護需求是足夠安全滿足的。並且，各種滅菌處理都會大幅度降低口罩的靜電作用，所以無菌的過濾效果反而會比非無菌更低一些。
