滅菌程度不同、微生物指標不同、主要用途不同。
1、滅菌程度不同：雖然兩者都是在無菌車間生產的，但滅菌型口罩的滅菌程度和標準會遠遠大於非滅菌型，且生產滅菌口罩車間的無菌級別會高於非滅菌型。
2、微生物指標不同：一次性滅菌型口罩和非滅菌型口罩都屬於一次性醫用口罩，都是按照YY/T 0969的規定生產的，但兩者對口罩的微生物指標有所不同，滅菌型口罩要求無菌，而非滅菌型口罩只是對微生物有限度要求。
3、主要用途不同：非滅菌一次性口罩通常指的是普通的防塵口罩，這種口罩在工廠車間使用的比較多，平時遇到霧霾天或大風天氣，也可以佩戴這種口罩進行防護，而滅菌口罩在醫院使用的比較多。
