南瓜營養豐富，含有蛋白質、糖類、脂肪、纖維素、鈣、磷、鐵，胡蘿蔔素、維生素C、腺嘌呤、精氨酸、瓜氨酸、天門冬氨酸、葫蘆巴礆、甘露醇等。現代醫學研究發現，南瓜可有效的預防和治療高血壓、糖尿病以及肝臟的一些病變，又被稱為〝防癌食物〞之一。南瓜所含的甘露醇又有通便功效，可減少糞便中毒素對人體危害，對防止結腸癌有其功用。
南瓜子對人體子宮頸癌細胞培養株JTC26在體外篩選有抑制作用，抑制率在90%以上。南瓜子有遏抑日本血吸蟲在動物體內向肝臟移行的作用，用以治療血吸蟲病、驅除蛔蟲。
南瓜和南瓜子煮豆漿，可達到防治退化性膝關節炎與防癌、降血糖的效果。
