相差高頻保護的基本工作原理是比較被保護線路兩側電流的相位，即利用高頻訊號將電流的相位傳送到對側去進行比較。在被保護線路內部故障時，兩側收信機收到的高頻訊號是斷續的，高頻訊號在一個週期重疊時間約為10ms，保護瞬時動作與跳閘。 即使內部故障時高頻通道被破壞，不能傳送高頻訊號，但收信機仍能收到本側收信機發出的間斷高頻訊號，因而保護能正確動作。在被保護範圍外部故障時，兩側收信機收到的高頻訊號是連續的，線路兩側的高頻訊號互為閉鎖，使兩側保護都不動作於跳閘。相差高頻保護是比較被保護線路兩側工頻電流相位的高頻保護。當兩側故障電流相位相同時保護被閉鎖，兩側電流相位相反時保護動作跳閘。
