幹燕窩建議放冰箱冷藏密封儲存，儲存溫度在0~3度之間。至少每15天檢查一下燕窩是否受潮，並把燕窩換一個朝向(這樣可以防止水汽積累)。按照這個方法儲存燕窩，燕窩可以儲存3~4年。如果沒有冰箱，可以把幹燕窩放在陰涼乾燥通風的地方密封儲存，要避免陽光照射、與潮溼的天氣。
有黴變部份的燕窩只能切割下來扔掉，剩餘部份仍能正常食用。還沒有黴變的剩餘部份如覺得還有溼氣，可放在空調下吹一晚，溼氣就會消失。不能放到陽光下照射。
如果只是淡淡的一點點，一般不影響食用，因為毛燕窩在燕屋裡由於燕屋潮溼也會有這樣的黴味，經過浸泡，挑毛和、清洗和燉煮就沒有問題了。如果已經酸臭，就不要食用了。
