遺傳多樣性研究意義是不瞭解種內遺傳變異的大小時空分佈及其與環境條件的關係，我們就無法採取科學有效的措施來保護人類賴以生存的遺傳資源基因，來挽救瀕於絕滅的物種，保護受到威脅的物種。
對於我們所不瞭解的物件，我們是無法保護的。對珍稀瀕危物種保護方針和措施的制定，如取樣策略遷地或就地保護的選樣等等都有賴於我們對物種遺傳多樣性的認識。
對遺傳多樣性的認識是生物各分支學科重要的背景資料。古老的分類學或系統學幾百年來都在不懈地探索描述和解釋生物界的多樣性，並試圖建立個能反映自然或系統發育關係的階層系統，以及建立一個便利而實用的資料（資訊）存取或查尋系統。對遺傳多樣性的研究無疑有助於人們更清楚地認識生物多樣性的起源和進化，尤其能加深人們對微觀進化的認識，為動植物的分類進化研究提供有益的資料，進而為動植物育種和遺傳改良奠定基礎。
