保外就醫的辦理流程一般是由犯罪嫌疑人在監獄內進行申請，由所在分監區全體警察評議通過，報監區稽核，在監區同意後，填寫病殘鑑定委託書送鑑定醫院進行鑑定，由鑑定醫師填寫病殘鑑定書，再送報監獄刑罰執行科進行初審，刑罰執行科組織刑罰執行委（包括法醫和檢察院）員會進行合議，認為符合條件的則可以通過。在這個流程完成之後，犯罪嫌疑人對於保外就醫的申請還要求報省監獄管理局生活衛生處、刑罰執行處（獄政管理處）審查，由監獄管理局審批。
法律依據
《中華人民共和國刑事訴訟法》第二百一十四條對於被判處有期徒刑或者拘役的罪犯，有下列情形之一的，可以暫予監外執行：(一)有嚴重疾病需要保外就醫的(二)懷孕或者正在哺乳自己嬰兒的婦女。對於適用保外就醫可能有社會危險性的罪犯，或者自傷自殘的罪犯，不得保外就醫。對於罪犯確有嚴重疾病，必須保外就醫的，由省級人民政府指定的醫院開具證明檔案，依照法律規定的程式審批。發現被保外就醫的罪犯不符合保外就醫條件的，或者嚴重違反有關保外就醫的規定的，應當及時收監。
