1、成分不同
深海魚油是指從深海中魚類動物體中提煉出來的不飽和脂肪成分，分別為EPA和DHA。
藻油是一種純植物性DHA(DHA，二十二碳六烯酸，俗稱腦黃金，是一種對人體非常重要的多不飽和脂肪酸，屬於Omega-3不飽和脂肪酸家族中的重要成員。
2、來源不同
藻油為動物來源，主要來自深海魚類。
深海魚油為純植物來源，微藻類。
3、口味不同
魚油捕撈抽提過程易氧化，腥味重，從而影響到最終產品的口感及風味。
藻油為先進抗氧化配方，生產工藝全程隔氧隔光，運輸過程全冷鏈，不易出腥味。
4、HDA含量不同
深海魚油的甘油三酯型較低，乙酯型較高但在分離純化過程中破壞天然結構並引入PCB。
藻油的DHA的含量為35%以上高純度。
