1、生活水域不同。生活水域在超過200米深度的魚稱之為深海魚。而淺海魚是生活於接近海面上200米深度以內的魚類；
2、生長週期不同。生活於深海的魚類，通常所處的海水溫度低。接近南北極的水域，溫度會更低。所以，深海魚相比較於淺海魚，大多都是生長週期比較長，生長較為緩慢；
3、營養價值不同。在營養價值方面，兩者都含有大量的脂肪、蛋白質、礦物質、維生素，但是深海魚所含有的營養物質更豐富，尤其在礦物質和不飽和脂肪酸方面；
4、數量減少速度不同。深海魚類由於生存的空間中競爭小，遠離人類活動範圍，淺海魚類競爭激烈，接近人類，淡水魚數目減少更快等。
