法定代表人以法人的名義在合同等檔案上簽字，但未加蓋法人印章的情況下，除非當事人對此另有約定，否則應認定為合同有效，理由如下：
首先，根據《民法通則》規定，法定代表人是代表法人行使職權的負責人，其以法人名義從事的經營活動，給他人造成經濟損失的，企業法人應當承擔民事責任。
其次，法定代表人是由法人的設立機關或股東（大）會、董事會確定的。例如，有限公司的法定代表人由董事長、執行董事或經理擔任，而這些人選實際上是由持有表決權優勢的股東決定的。也就是說，法定代表人行為是法人單位實際控制人意志的體現，相應地，其行為後果也應由法人承擔。
法律依據：
《合同法》第三十二條，當事人採用合同書形式訂立合同的，自雙方當事人簽字或者蓋章時合同成立。
