李贄的整個哲學體系的中心是主觀唯心主義的。
李贄認為“真心”、“童心”是最根本的概念，是萬物的本源。自然界是我妙明真心的一點物相。
李贄用主觀唯心主義作為反對以客觀唯心主義為基礎的程朱理學的理論武器，削弱自身的戰鬥力。 李贄以“生知”說反對神化孔子，從認識能力，認識來源的角度來否定認識正確與否要以孔子為標準的傳統思想，具有解放思想的進步作用，但以“人人生知”反對“聖人生知”說，其認識論方面的侷限和缺陷是不可忽視的。
在理學佔統治地位的明代，李贄將矛頭直指封建禮教和整個正統思想，強調個性發展，思想具有鮮明的封建叛逆色彩和戰鬥精神。從歷史的程序看，李贄的思想無疑是進步的，是更加利於獨立自由和思想解放的，也是反封建的。
