（1）機械性消毒：是用清掃、洗刷、通風等手段清除環境中的病原體，是消毒時首先採用的方法。
（2）物理消毒：是用高溫、乾燥、紫外線、紅外線等方法消滅病原體。煮沸消毒是最常使用也是比較確實的消毒方法。對於不怕火的物體可用火焰消毒，如雞舍、雞籠等效果非常好。
（3）化學消毒：是指用化學藥品殺死病原體的方法，是消毒過程的重要環節，消毒劑的種類很多，不同的種類有不同的用途和使用方法，如火鹼、石灰水多用於環境消毒，甲醛多用於燻蒸消毒，漂白粉和碘製劑以及一些季胺鹽類消毒劑可用於飲水消毒等。
（4）生物消毒：生物熱消毒法多用於對雞糞的無害化處理，常採用堆積法，利用發酵產熱殺菌消毒。
消毒方法是否正確、徹底程度如何，將會使消毒的效果產生天地之別，這就要求在進行消毒時，一定要控制好以上各種影響因素。如果消毒工作變成不可靠的例行公事，不但不會使病原體減少，相反，由於思想麻痺，將會助長病原體的泛濫，侵害雞群；無效的消毒水很可能變成病源體的傳播媒介。
