鼓樓校區：南京大學鼓樓校區坐落在南京市中心區域，位於鼓樓區，與南京市中心鼓樓廣場相鄰，漢口路將鼓樓校區劃為南園、北園，南園是學生宿舍生活區，北園是教學科研區，面積近八百畝。南京大學鼓樓校區為金陵大學舊址所在地，北園金陵苑一帶為中華傳統風格建築群，其中的北大樓已經成為南京大學的標誌性建築。
仙林校區：南京大學仙林新校區是南京大學為建立高水平世界知名大學而建設的國際化新校區，位於南京三大副城之一的仙林大學城，地處九鄉河溼地公園，東瀕仙林湖，北望棲霞山景區，毗鄰多所知名高校，2009年9月正式投入使用。
浦口校區：南京大學浦口校區的建設為南京大學在新世紀的可持續發展提供了廣闊的辦學空間，它與鼓樓校區形成隔江並峙，協調發展的辦學新格局。
