淨化車間一般溫度控制在23、5至25攝氏度之間，而溼度控制在百分之60到百分之70之間，內部有水濂櫃在運作，另外還有抽風機。
現在我國是採用兩種程式控制：
第一種程式是：溫度高時製冷，溫度低時蒸汽加熱。溼度高時製冷，溼度低時蒸汽加熱。當這個程式運作時，空調製冷到設定溫度時，雖然DDC給訊號不用製冷，但這時代溼度還是高於設定溼度。因為是靠製冷除溼，所以製冷閥還是開啟的，室內溫度降低，導致蒸汽加熱閥業開啟。但運轉一定時間後，溫度會降到18到19度，而溼度也會緩慢上升至百分之九十左右有時甚至到百分之百。
第二種程式是：溫度高時製冷，溫度低時蒸汽加熱。溼度高時蒸汽除溼，溼度低時蒸汽加溼。當這個程式運作時，空調製冷到設定溫度時，DDC給訊號讓製冷閥關閉，這樣溫度得到了控制。但這時溼度還是高於設定溼度，蒸汽除溼啟動，雖然能下降幾個百分點，但溼度還是保持在百分之八十五左右。
