大腸菌群主要包括腸桿菌科中的韻埃希氏菌屬、檸檬酸桿菌屬、魔雷伯氏菌屬和腸桿菌屬。這些屬的細菌均來自於人和溫血動物的腸道；在35～37℃條件下，48 小時內能發酵乳糖生酸產氣。大腸菌群中以埃希氏菌屬為主，埃希氏菌屬教俗稱為典型大腸桿菌。大腸菌群都是直接或間接地來自人和溫血動物的糞便。本菌群中典型大腸桿菌以外的菌屬，除直接來自糞便外，也可能來自典型大腸桿菌排出體外7～30 天后在環境中的變異。所以食品中檢出大腸菌群即表示食品受到人或溫血動物的糞便汙染，其中典型大腸桿菌為糞便近期汙染，其他菌屬則可能為糞便的陳舊汙染。
