1、自建房建造時使用的一般是村裡的集體土地，商品房則用的是國有土地出讓地。
2、自建房的所有人是建房者自己，而商品房是屬於開發商，在售賣並辦理完證件後才屬於購房者。
3、農村建房經過村集體同意，國家土地部門備案後，就可以自己建房；商品房則是在開發商拍下土地後，通過政府稽核相關報建資料、設計資料等檔案後允許建房，達到可銷售程度後方能上市銷售的房子。
4、商品房住宅的使用年限一般是70年，此外還有40年和50年的情況；而農村的宅基地的使用權一般是永久的。
5、商品房是可以在市場自由交易的，而農村自建房只能賣給同村同一個集體的村民。
