《婚姻密碼》劇情講述的是一個我們既熟悉又陌生的故事，故事描寫了一個家庭中三個不同年齡段的男女對婚姻和情感生活的不同理解和遭遇。
馮詩卉和齊越結婚七年了，他們有各自如日中天的事業和一個兩歲多的孩子。生活的瑣碎在不知不覺間將兩人的距離悄然拉遠，曾經的愛慕變成了矛盾和衝突，家庭的責任使兩個人都感到身心疲憊。此時馮詩卉原先的追求者遲鳴，和年輕漂亮的才女蔣馨月的突然出現，徹底打亂了兩人的生活。
遲鳴還愛著馮詩卉，而蔣馨月對齊越情有獨鍾。齊越的背叛使兩人的婚姻走到了盡頭。但離婚之後齊越卻發現，原本煩惱的生活其實充滿著希望和快樂。激烈的思想鬥爭之後，他決定面對現實，爭取重新獲得馮詩卉的愛。生性好強的馮詩卉在過去與現實、齊越與遲鳴之間痛苦的抉擇後，毅然選擇了與齊越重新生活在一起。遲鳴找到了自己真正的愛，而蔣馨月只能黯然的離開。
