由於蛋白質表面離子化側鏈的存在，蛋白質帶淨電荷。由於這些側鏈都是可以滴定的（titratable），對於每個蛋白都存在一個pH使它的表面淨電荷為零即等電點。
在等電點時，蛋白質分子以兩性離子形式存在，其分子淨電荷為零(即正負電荷相等)，此時蛋白質分子顆粒在溶液中因沒有相同電荷的相互排斥，分子相互之間的作用力減弱，其顆粒極易碰撞、凝聚而產生沉澱，所以蛋白質在等電點時，其溶解度最小，最易形成沉澱物。等電點時的許多物理性質如黏度、膨脹性、滲透壓等都變小，從而有利於懸浮液的過濾。在等電點外的所有其他pH值，依據蛋白質所帶淨電荷採用電泳和離子交換層析來分離和分離純化該蛋白質。
等電點沉澱主要應用於蛋白質等兩性電解質的分離提純，還可應用於大豆異黃酮的分離：用等電點沉澱法脫去蛋白質，可提高異黃酮製品的純度，異黃酮截留率為7.2%，蛋白質截留率為91.1%。
