房屋回遷合同需要按照產權轉移書據繳納印花稅。《印花稅暫行條例施行細則》第五條規定，產權轉移書據，是指單位和個人產權的買賣、繼承、贈與、交換、分割等所立的書據。房屋回遷合同，是指房地產開發公司對被拆遷戶實行房屋產權調換時，與被拆遷戶簽訂的按被拆遷人房屋原面積拆一還一給予同面積房屋回遷安置的合同，其實質是以不動產所有權為表現形式的經濟利益的交換，即特殊形式的房屋銷售合同。可見，房屋回遷合同屬於一種交換式的產權轉移書據。另外，《財政部、國家稅務總局關於印花稅若干政策的通知》（財稅[2006]162號）第四條規定，對商品房銷售合同按照產權轉移書據徵收印花稅。因此，房屋回遷合同需要按照產權轉移書據繳納印花稅，其計稅依據為雙方簽訂的商品房銷售合同中所載金額。如果未標明金額的，則應按《印花稅暫行條例施行細則》第十八條規定執行。即按金額比例貼花的應稅憑證，未標明金額的，應按照憑證所載數量及國家牌價計算金額，沒有國家牌價的，按市場價格計算金額，然後按規定稅率計算應納稅額。
