員工擅自離崗的，用人單位應當首先發出書面通知，限制員工在規定期限內返回公司。其次，當員工擅自離崗達到辭退標準時，用人單位應當以書面形式向該員工送達辭職通知，通知其前來辦理交接和離職手續。另外，如果該員工由於擅自離崗，給用人單位造成損失的，用人單位可以申請仲裁，向勞動者要求賠償。
法律依據：《勞動合同法》第九十條：勞動部《關於實行勞動合同制度若干問題的通知》第十八條規定，給用人單位造成損失的，應當承擔賠償責任。工資是用人單位依據勞動合同的規定，以各種形式支付給勞動者的工資報酬，按勞動部《工資支付暫行規定》第九條規定，用人單位應當按勞動者出勤結清工資。
