根據《破產法》第21條的規定，破產債權確認糾紛應該由受理破產申請的人民法院管轄。如果債權人和破產債務人對債權債務糾紛約定了仲裁，那麼當管理人對該債權不予確認登記時，債權人就應當向仲裁委提出債權確認申請，受理破產的法院沒有管轄權。實踐中，破產案件一般由中級人民法院受理。受理破產申請的中級法院，可以將本應由自己審理的案件，報請高階人民法院批准，交由基層人民法院審理。破產債權確認糾紛擬確認的債權，如果屬於海事糾紛、專利糾紛、證券市場因虛假陳述引發的民事賠償糾紛等須專門管轄的案件，則此類案件可以由上級人民法院指定一家有權管轄此種專業案件的法院，集中審理類似案件。
