蜂蜜可以放冰箱儲存，但溫度不要過低，須在0℃以上儲存。裝蜂蜜的容器要蓋嚴，防止漏氣，減少蜂蜜與空氣接觸。蜂蜜放冰箱裡可能會發生結晶現象，大多數蜂蜜放到冬天結晶後呈豬油狀。隨著時間的延長及氣溫的變化，有的蜂蜜就會逐漸混濁，從而逐漸凝結成豬油狀的固態，顏色相應由深變淺，多數蜂蜜結晶後成白色，少數顏色深的蜂蜜結晶後成淡黃色，這是蜂蜜的自然結晶過程，不同的蜂蜜出現結晶的規律和特點也不同。如果是成熟蜂蜜，放常溫下儲存即可，可以存放幾年不壞，天然成熟蜜具有很強的抗菌作用。蜂蜜儲存時應放在陰涼、乾燥、清潔、通風處，溫度保持在5～10℃。空氣溼度不超過75%的環境中。如果非要存放在冰箱裡，也不會影響蜂蜜的品質，不過蜂蜜會發生一些物理變化。
