房屋按揭貸款尚未還清，抵押權仍存續有效，此時不能辦理房產過戶。抵押權屬於定限物權，具有對抵押物所有權權能產生限制的作用，具有擔保債權實現的作用，抵押權的保護優先於受讓人所有權的保護，抵押存續期間，未經抵押權人同意，轉讓抵押房屋的，不發生物權變動效力。因此，受讓人可以待出賣人還清抵押貸款後再辦理過戶登記手續，或者自己代出賣人清償債務滌除抵押權再辦理過戶登記手續。因此，在房屋交易時，應當瞭解掌握房屋是否設定有抵押，如存在有抵押情形，決定是否交易以及選取何種方式辦理產權的過戶登記。在離婚案件中，如果所要分割的房屋有按揭貸款未還清，除符合《婚姻法司法解釋三》第十條情形的，法院亦不能做出確認判決直接判決歸屬，而只能做出待抵押權消除後被告協助原告辦理產權過戶登記的給付判決。
法律依據：
《中華人民共和國物權法》第一百九十一條第二款
抵押期間，抵押人未經抵押權人同意，不得轉讓抵押財產，但受讓人代為清償債務消滅抵押權的除外。
