根據《勞動法》、《勞動合同法》等規定，在員工不辭而別的情況下，勞動者已提供勞動部分對應報酬不應被剝奪。
若用人單位有條件支付剩餘工資的，如員工的銀行卡並未銷燬，應及時足額支付。只有在存在工資支付障礙的前提下(例如無工資卡、無法聯絡本人)，用人單位可以暫緩工資支付。
《勞動合同法》第九十條規定，勞動者違反本法解除勞動合同，或者違反勞動合同約定的保密義務或者競業限制，給用人單位造成損失的，應當承擔賠償責任(目前廣東省的內部仲裁規定，員工不辭而別造成損失，用人單位必須承擔舉證責任)。故對不辭而別的員工，用人單位有權追究其法律責任，但前提是要有員工造成損失的證據(個人覺得比較難)。
法律規定員工自動離職單位也無權扣除工資。但是如果因員工擅自離職而給單位造成經濟損失則應由離職者承擔相應責任。
