兼併合同糾紛需要注意的事項是：
(1)企業控股是企業收購形式，屬於企業股東行為；企業合併是企業行為，但需經股東大會決議同意。
(2)企業控股不發生被控股企業主體資格的消滅，企業合併導致被吸收企業或者合併各方主體資格消滅。
(3)企業控股的法律後果僅為被控股企業股權發生變動，該企業資產和負債不發生轉移。
【法律依據】
處理企業兼併合同糾紛的法律依據主要是最高人民法院《關於審理與企業改制相關的民事糾紛案件若干問題的規定》第30一35條。
《關於審理與企業改制相關的民事糾紛案件若干問題的規定》第三十條，企業兼併協議自當事人簽字蓋章之日起生效。需經政府主管部門批准的，兼併協議自批准之日起生效；未經批准的，企業兼併協議不生效。但當事人在一審法庭辯論終結前補辦報批手續的，人民法院應當確認該兼併協議有效。
