1、行政區劃、行政建制不同：縣為《中華人民共和國憲法》規定的省、縣、鄉三級行政區劃之一，省級以下獨立設定存在；區不能獨立設定存在，必須依存市級設定存在。
2、經濟模式、主要產業不同：縣經濟結構為農村經濟、農村建設，主要產業為第一產業——農業，農業生產、農村人口占比高，一般在70％以上，可以獲得國家對農村、農業各種政策支援，如各種農業專項財政補助等；區經濟結構為城市經濟、城市建設，主要產業為第二、第三產業——工業、服務業、工商業，城市人口比重高，雖然域內有農村、農業生產，不能獲得國家對農村、農業各項政策支援，如各種農業專項財政補助等。
3、獨立性、行政權力不同：縣獨立一級行政建制政府，獨立性很大，可以有獨立的規劃、財政稅收、人事管理等一級政府許可權；區依存市級設定存在的行政建制政府，對市級依存度強，獨立性差，沒有獨立的規劃、人事管理等許可權，財政稅收獨立性也差，市級給多大許可權，就有多大許可權。
