鯨魚擱淺後極可能發生爆炸。
鯨爆炸一般指的死亡的鯨因內部蓄積過多腐敗氣體而造成身軀爆裂。鯨生前吃了很多食物，消化後會產生甲烷、氫硫化物以及氨等氣體，鯨死後，內部組織與器官腐敗的速度越快，細菌擴散的速度也越快，身體的蛋白質分解，產生更多氣體，增加腹部與腸道的壓力。若處置不當，極可能發生爆炸。
2004年臺南抹香鯨爆炸事件後，據有關學者調查研究後表示，該鯨魚發生爆炸的部位曾受過船隻撞擊，這是直接導致鯨在海灘邊擱淺而死以及該部位承受不了體內腐敗產生的氣體壓力從而產生爆炸。再者，鯨本身就是深海動物，需要抵抗深海的水壓，所以身體裡必須要有足夠的氣壓才能抵消掉一部分壓力，鯨魚體內的壓力不斷上升，往往一觸即發。
同時，若解剖鯨不當也可能會引起爆炸，如果解剖時一次性割一個大口，空氣一次性排出，使體內的器髒一下噴出來，將會產生爆炸。
