醫療保險補繳的程式有：
一、醫保機構徵繳部門根據醫療保險欠費情況，建立欠費資料資訊，填制《社會保險費補繳通知單》，通知參保單位補繳欠費。
二、對因籌資困難，無法一次足額繳清欠費的參保單位，醫保機構徵繳部門與其簽訂社會保險補繳協議。如欠費單位發生被兼併、分立、破產等情況時，按下列方法簽訂補繳協議。
1、欠費單位被兼併的，與兼併方簽訂補繳協議。
2、欠費單位分立的，與各分立方簽訂補繳協議。
3、欠費單位進入破產程式的，與清算組簽訂清償協議。
4、單位被拍賣出售或租賃的，與主管部門簽訂補繳協議。
三、參保單位根據《社會保險費補繳通知單》或補繳協議辦理補繳，醫保機構徵繳部門予以受理，並通知醫保機構財務管理部門收款。
四、破產單位無法完全清償的欠費，醫保機構徵繳部門受理單位破產清算組提出的申請，稽核後送稽核監督部門處理。
五、醫保機構徵繳部門依據財務管理部門傳來的補繳欠費到賬資訊和稽核監督部門傳來的核銷資訊，調整參保單位欠費資訊。
