為了將乳酪儲存在最佳狀態，建議購買乳酪之後，馬上進行適當的儲存和處理。一般而言，如果把未開封的乳酪儲存在冰箱，溫度保持在1攝氏度到3攝氏度之間，能保持質量不變。
乳酪的品種不同，儲存方法也不同。家庭烘焙通常會用到兩種乳酪：馬蘇裡拉芝士和奶油芝士。
以下為兩種乳酪的儲存方法：
1、馬蘇裡拉芝士，塊狀的將其切成需要重量的小塊，用保鮮袋分別裝好後放入冷凍室(如果是已刨好絲的，分裝後放冷凍室即可），需要時，隔夜將其放入冷藏室回溫，刨絲使用即可；
2、奶油芝士，其為軟乳酪，不能冷凍儲存，最好是儘快食用。如果一次用不完，切乳酪時將案板、刀具、手用酒精棉球消毒殺菌。切記不能汙染到乳酪。切好後把剩餘的乳酪原袋包好，趕走袋內空氣，用保鮮袋包裹，後放入冷藏室儲存。如乳酪表面長黴斑，則為乳酪變質。
