工程款糾紛案由其實就是指工程款糾紛中所涉及的法律關係的性質問題。
在處理工程款糾紛時應該注意：黑白合同以中標備案合同的計價標準為結算依據;拖欠工程款應計利息;拖欠工程款可順延工期，但承包人必須事先發過書面催告。
《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第21條規定，合同對拖欠工程款利息沒有約定，發包人應當按照中國人民銀行釋出同期同類貸款利率向承包人支付拖欠工程款利息。利息自約定付款次日起算。沒有約定付款時間或者按照約定難以確定付款時間的，利息自合同約定的工程款結算之日起算。難以確定工程款結算時間的，以工程交付次日起算。
