(一)無產權證房屋不太容易辦理物權變動手續，存在交易風險。無產權證房屋權利人難以如願行使買賣、抵押、出租、入股等權利，難以物盡其用，導致買受人的合法權利不一定能夠得到有效的保障。
(二)房屋拆遷時，無產權證房屋權利人無法獲得如同有產權證房屋價值相當的補償。
(三)如果無產權證房屋被認定為違章建築還將面臨行政處罰和強行拆除。當然，無產權證房屋在現行法律框架內應當得到相應保護。即使無證房屋屬於違章建築，除法定機關外，任何人不得侵佔、毀損或拆除，否則無產權證房屋權利人可以請求返還財產、排除妨礙和賠償損失。
(四)無產權證房屋權利人行使房屋權利與鄰人發生糾紛時，應當適用相鄰關係的規定，接受限制和擴張權利。
（五）當無產權證房屋買賣雙方出現糾紛，需要通過法律途徑解決時，很可能因房屋產權問題而影響買賣合同的效力，從而導致糾紛處理陷入困境，難以維權。
