如果是在不使用的情況下，建議還是蓋上最好。根據以往的生活經驗發現，馬桶在不用時即使之前清理的很乾淨也會傳出難聞的異味。這主要是因為馬桶的管道是通向室外的，外界的氣壓變化也是時常發生的，這樣就很容易出現馬桶管道返味的情況。所以，為了不受到難聞異味的侵襲，還是蓋上好一點。
如果沖水時馬桶蓋開啟，馬桶內的瞬間氣旋最高可以將病菌或微生物帶到6米高的空中，並懸浮在空氣中長達幾小時，進而落在牆壁和物品上。現在大部分家庭中，如廁、洗漱、淋浴都在衛生間裡進行，牙刷、漱口杯、毛巾等與馬桶共處一室，自然很容易受到細菌汙染。因此，應養成沖水時蓋上馬桶蓋的習慣。
