有機大米不是轉基因大米，有機大米和轉基因大米是不同層次的概念。
1、有機主要指生產方式，而轉基因更多在於育種方法上，有機大米使用的是常規水稻育種，常規水稻是通過系統選育、雜交育種、輻射育種和化學誘變等方法培育的純系品種，目前中國種植的大米大部分品種均為常規水稻，常規水稻在整個研發過程中，從未涉及轉基因技術；
2、轉基因水稻是通過轉基因方法培育的水稻品種，所謂轉基因是將基因人工轉移的一種技術，它將人工分離和修飾過的基因轉移到生物體的基因組中，由於匯入基因的表達，引起生物體性狀可遺傳的變異，利用這種變異培育新品種；
3、中國規定優質大米的生產分為無公害、綠色和有機三大類，三者的差別在於生產時所要求的土、水、氣等環境條件和所用的化肥、農藥等投入品不同，與使用品種無關，三者均需通過農委相關管理部門的認證，有機大米只是優質大米的一種，與轉基因沒有關係。
