最好不要用，中藥要想充分利用其藥物價值，自由以來，人們常是：先大火燒開，然後小火慢熬細燉，中間如若水份欠缺，有時還可適量新增，繼續熬製，熬到藥質全進入湯中，看起來比較濃重，即可服用了。這樣溫度控制在沸點以下，藥性不會破壞，對治病效果更好。若用微波爐，其氣味汙染微波爐暫且不說，藥性對某些藥材可能大大改變或降低（微波爐是利用分子振動且摩擦產熱的，會破壞分子結構），另外溫度和持久度也很難把控，觀察藥物濃度也不太方便。採用微波爐加熱藥材，除非是在特別情況下，不得已而為之！總之，在條件允許情況下，用瓦罐爐火燉制最佳。
