水煙有危害，抽吸水煙者在抽吸過程中會吸入數量可觀的有毒物質和致癌物例如菸草特有亞硝胺、多環芳烴、甲醛等揮發性醛，還有一氧化氮和重金屬。而且，抽吸水煙的人會比抽普通捲菸的人接觸更多一氧化碳、多環芳烴，和相似量的尼古丁。在水煙的使用過程中，使用者會吸入大量的有毒物質(從少於1到10的香菸當量)。這絕對不是一種健康安全的行為。
使用水煙還會對我們的呼吸系統（主要是慢性支氣管炎）、心臟系統、口腔和牙齒有不良影響，長期的水煙使用者在慢性阻塞性肺病和牙周病上發病率較高。使用水煙還會導致肺癌、口腔癌、食道癌、膀胱癌、胃癌和低出生體重。除此之外，有研究表明抽水煙也會上癮，因為它也有尼古丁這種致癮物質存在。
