兩者在適用法律、案件的情節等方面存在區別。刑事主要適用於存在刑事違法行為，應受刑罰、處罰或懲罰，主要適用刑法和刑事訴訟法；行政主要是適用於國家行政機關對於不屬於審判、檢察工作以及立法中的其他法律的具體應用問題以及自己依法制定的法規方面，主要適用於行政法和行政訴訟法。
《中華人民共和國刑事訴訟法》第二條中華人民共和國刑事訴訟法的任務，是保證準確、及時地查明犯罪事實，正確應用法律，懲罰犯罪分子，保障無罪的人不受刑事追究，教育公民自覺遵守法律，積極同犯罪行為作鬥爭，維護社會主義法制，尊重和保障人權，保護公民的人身權利、財產權利、民主權利和其他權利，保障社會主義建設事業的順利進行。
《中華人民共和國行政訴訟法》第二條公民、法人或者其他組織認為行政機關和行政機關工作人員的行政行為侵犯其合法權益，有權依照本法向人民法院提起訴訟。前款所稱行政行為，包括法律、法規、規章授權的組織作出的行政行為。
