真核細胞內蛋白質的降解途徑主要有三種：溶酶體途徑、泛素化途徑和胱天蛋白酶途徑。
溶酶體途徑：蛋白質在同酶體的酸性環境中被相應的酶降解，然後通過溶酶體膜的載體蛋白運送至細胞液，補充胞液代謝庫；泛素化蛋白水解酶途徑：一種特異性降解蛋白的重要途徑，參與機體多種代謝活動，主要降解細胞週期蛋白、紡錘體相關蛋白、細胞表面受體如表皮生長因子受體，應激條件下胞內變性蛋白及異常蛋白也是通過該途徑降解；胱天蛋白酶途徑：細胞凋亡的蛋白質降解途徑。細胞凋亡中被降解的蛋白質有：DNA損傷修復酶、核纖層蛋白、肌動蛋白和胞襯蛋白等，這些酶及蛋白的降解導致細胞形成凋亡小體，最終被吞噬細胞吞噬消化。
