1、系統故障：鯨魚擁有一種高靈敏度的回聲測距本領，內臟不適、寄生蟲或者系統本身的原因，都可能使回聲定位系統出現故障，讓鯨魚迷失方向、四處亂竄。
2、環境汙染：汙染海水的化學物質擾亂了鯨魚的感覺。軍艦聲吶和回聲控測儀所發出的聲波及水下爆炸的噪音，會使鯨魚的回聲定位系統發生紊亂。
3、地形原因：鯨魚為了捕食隨水勢誤入地形平緩的水域，一旦退潮會造成擱淺，而當它們為了追食魚群而遊進海灣，向著有較大斜坡的海灘發射超聲波時，回聲往往誤差很大，甚至完全接收不到回聲，也會因此迷失方向。
聲吶功能：聲吶並非人類的專利，不少動物都有它們自己的聲吶。鯨和海豚則擁有水下聲吶，它們能產生一種十分明確的訊號探尋食物和相互通迅，人類發明的聲吶就是通過鯨和海豚的聲吶原理髮明的。它們的聲吶系統分工明確，有為定位用的、有為通訊用的、有為報警用的，並有通過調頻來調製位相的特殊功能。
