1、嚴重胃病：納豆嘌呤含量高，有促進胃液分泌的作用;納豆中的膳食纖維會對胃黏膜造成機械性損傷。因此，患有消化性潰瘍、急性胃炎和慢性淺表性胃炎的病人不要食用納豆。
2、腎臟疾病：納豆含非必需氨基酸較高，對於腎炎、腎功能衰竭和腎臟透析病人不利，故應禁食。
3、痛風：痛風是由於嘌呤代謝失常引起的，納豆含嘌呤較多，所以痛風患者要儘量少食納豆。
4、急性胰腺炎：急性胰腺炎發作時，嚴禁食用一切能刺激胃液和胰液分泌的食物。由於納豆能促進胃液分泌，所以也不適宜食用。
5、傷口未愈：納豆激酶抗血液凝結力強，手術後及傷口未癒合的病人服用易造成傷口出血。
