文昌魚是一種半底棲生物，基本生存條件是“沙”。文昌魚體形狹長，略呈透明的淡紅色，兩端尖細，沒有分化的頭部，見不到眼、耳、鼻，只有一個沒有分化的消化器官和一條跳動的腹血管，依稀可以辯出口和咽喉，一條直腸通肛門，身體很短少，每500克重就會有4000多條文昌魚。文昌魚說它是“魚”，實際上並不是魚。它是介於無脊椎動物和脊椎動物之間的動物，而更趨向於脊椎動物。
1774年，德國動物學家蒙帕拉斯曾把文昌魚命名為軟體動物中蛞蝓的一種，後來，各國動物學家相繼研究了文昌魚的結構和胚胎髮育，才確定它應該屬於脊索動物門、頭索動物亞門的一種。
