酸菜魚的來歷有三種說法：
1、 始於重慶江津的江村漁船。
據傳，漁夫將賣剩的小魚與江邊的農家換酸菜吃，將酸菜和鮮魚一鍋煮湯，想不到這湯的味道還真有些鮮美，於是一些雞毛小店便將其移植，供應南往北來的食客。酸菜魚流行於90年代初，重慶的廚師們又把它推向祖國的大江南北，酸菜魚是重慶菜的開始先鋒之一。
2、始於重慶市江津縣津福鄉的周渝食店。
80年代中期經營酸菜魚，頗受食者讚許，此店陸續收了不少徒弟，藝成之後，離店自立門戶，該店的拳頭品種也隨之流傳四面八方，風味獨特，名聲不腔而走，全省各地紛紛仿製。
3、始於重慶市壁山縣來鳳鎮。
此鎮位於成渝公路側，壁南河穿街而過，鮮魚產量多，烹魚高手輩出，有“來福小鎮鮮魚美”之譽，橋頭一小食店，乾脆以“鮮魚美”名店，由全國著名書法家楊宣庭寫的“鮮魚美”三字，吊掛店前，既作市招，又是店名，它在推出“水煮魚”風靡數年之後，又推出“酸菜魚”。
