金針菇的存放時間根據溫度和儲存方式決定，直接放進冰箱儲存可以存放3-5天，常溫下一般只能存放2天。存放時間過長金針菇新鮮度下降，口感就會變差，一旦發現金針菇有變軟、變色、變味等現象，就要將金針菇丟掉，不可食用。
金針菇可以放多久買回來的新鮮金針菇在室溫下可以存放1-2天左右，溫度太高存放時間更短，如果金針菇放進冰箱儲存，大概可以存放3-5天，可以用報紙或者保鮮膜把金針菇包裹起來，減少金針菇與空氣和水分的接觸，延長儲存時間。
想要延長金針菇的儲存時間，可以把金針菇放在太陽下晒乾，或者放在烤箱中烤乾，然後裝袋密封儲存，可以存放1個月左右，等到要用金針菇時再用水泡發。金針菇最好是吃新鮮的，儘量當天食用，儲存時不要讓它沾水，否則很容易變質。
金針菇儲存時儘量不要沾水，如果沾到水可以擦乾表面水分，不要用鐵製容器儲存，鐵在空氣中與氧氣和水發生反應會生成鐵鏽，汙染金針菇。儲存金針菇時，需要把金針菇根部剪掉，這樣金針菇沒有活性，就不會繼續生長。
