成分不同。蛋白粉的蛋白質含量是奶粉的2倍以上；蛋白粉中含有很少的碳水化合物，奶粉含有很高的碳水化合物化合物，並且是乳清蛋白；奶粉發熱量高，脂肪率也是比蛋白質粉要高。
奶粉是以牛、羊或者其他動物的乳汁為原料，經過消毒、脫脂、脫水、乾燥等工藝製成的粉末。具體分為全脂奶粉、脫脂奶粉、速溶奶粉、加糖奶粉、嬰幼兒奶粉和特殊配置奶粉。奶粉用途廣泛，例如：沖泡飲用、食品加工、罐裝飲料、咖啡牛奶、調味乳、奶茶、玉米濃湯、麥片製藥和甜品製作等。
蛋白粉，一般是採用提純的大豆蛋白、酪蛋白、乳清蛋白（缺乏異亮氨酸）、豌豆蛋白等蛋白，或上述幾種蛋白的複合加工製成的富含蛋白質的粉末。蛋白粉的用途是為缺乏蛋白質的人補充蛋白質，也可作為功能新增劑用於食品工業生產中。
蛋白粉和奶粉存放時需要注意，蛋白粉和奶粉都極易吸潮，而夏季空氣的溫度、溼度都比較大，廚房、潮溼的櫃子、地板等都不是存放奶粉的好位置，最好放置於通風的高架上。蛋白粉和奶粉的存放都需要避光，最適宜的儲存溫度為25℃。
