益生菌最好是在飯後二十分鐘服用。飯後胃酸濃度降低，更有利於讓活菌順利地到達胃，發揮的作用。進入胃的食物可以消耗大部分胃酸，便有利於讓大部分益生菌活著進入小腸。否則即使被選出的一部分已確定的，能到達小腸的益生菌菌群也難免會遭到損失，益生菌大大的折扣。
千萬不能用沸水沖泡，會燙死益生菌，三十至四十度的溫水剛剛好。沖泡的時候先調好水溫，再將粉劑放到水中沖服，保證菌群的活性，沖劑後也不適宜適當的加熱，同樣的原理高溫會殺害許多活性菌群。高溫環境中菌群活效能力下降，只剩下一點，喝下對人身體也沒有任何的好處。
