1、概念不同：
（1）益生元是一種膳食補充劑， 它通過選擇性的刺激有益菌的生長與活性而對宿主產生有益的影響，從而改善寄主健康的不可被消化的食品成分。
（2）益生菌是一定數量的、能夠對人體健康產生有益作用的活的微生物製劑。通俗的說，益生菌就是一種活的、對腸道健康有益的微生物。
2、本質不同：
（1）益生元的本質是不能被宿主消化吸收的無生物活性的低聚糖類，它是作為益生菌的“養料”，促進益生菌的生長繁殖，保證機體健康。
（2）益生菌的本質就是外部新增的，是一種對動物有益的細菌，可直接作為食品新增劑來吃，以維持腸道菌群的平衡，是有生物活性的有益菌群的統稱。
3、作用不同：
（1）益生元的作用多元化，它不僅能增值有益菌，還能促進產生短連結脂肪酸，降低腸道PH值，抑制有害菌，能促進腸道產生對抗病菌免疫球蛋白，幫助腸道築成“生物屏障”和“免疫屏障”，對促進健康更有幫助。
（2）益生菌是外源細菌，直接作用於腸道，維持腸道菌群平衡。但是，它有比較明顯的針對性，即對不同的病因及體質，新增不同的菌種，如雙歧桿菌對胃腸道疾病有顯著功效等。
