將滷水燒開，用紗布過濾，再將裡面多餘的雜質去除，保持滷水的乾淨，靜置冷卻，然後將滷水用保鮮膜封口放進冰箱內冷藏。滷水要放置在陰涼，空氣流通的地方，要有良好的通風，不要放在忽冷忽熱的環境中。
如果長時間不用，可以將滷水分成多份，放進冰箱的冷凍室內冷凍起來。下次使用時可以先進行化冰，然後煮沸。滷水的儲存是比較簡單的，滷水用過幾次後，需要新增一些原料。
無論哪種儲存方法，都要讓滷水保持相對密封的狀態，在儲存期間不要隨意攪動滷水；儲存滷水不要用鐵桶和木桶，而應該用土陶，因為土陶比較厚，能夠避免滷水受外界熱量的影響。鐵桶比較容易生鏽，金屬發生化學反應，會使滷水變色變味，甚至變質不能使用。木桶容易發黴，產生異味。
在滷水儲存時要注意，將葷素分開滷製，而且素菜不要直接放在滷湯罐裡，要另外用鍋煮。再有就是所有滷製的材料，煮好後不要立即取出來，都需要放涼之後再取出，因為滷水的味道逐漸降低正是入味的時候。
