1、甲醇超標：葡萄酒在發酵過程中，甲醇的產生是不可避免的，不論是自釀還是工業化生產都會產生。因為甲醇的產生主要來源於原料。一方面，葡萄皮中的果膠在果膠酶或熱能的作用下分解出甲醇，黴變也會產生大量甲醇，發酵越徹底，甲醇含量會越高。
2、易爆炸：葡萄釀酒發酵過程中，會將糖分等物質轉化為酒精，然後會產生大量氣體，氣體在完全密閉的容器中越來越多，產生出巨大的壓力，一旦超過容器的承受限度，容器就會被炸開。因此，人們在自制葡萄酒時，容器內一般要留1/3的空間以備發酵，蓋子不要蓋得太緊。裝滿自釀葡萄酒的容器就是一枚定時炸彈。
3、雜菌汙染：與甲醇超標相比，雜菌汙染導致的有毒物質積累是更常出現的問題。我們覺得可口美味的東西，微生物也同樣喜歡。葡萄果實中大量的葡萄糖為酵母提供了適宜的營養來源，同時也為其他雜菌提供了良好的生存條件。
