載體蛋白和通道蛋白都是細胞膜上運輸物質的載體。但載體蛋白既包括主動運輸的蛋白質，也包括協助擴散的蛋白質。而通過蛋白只是協助擴散的蛋白質。
載體蛋白又稱做載體、通透酶或轉運器。能夠與特異性溶質結合，通過自身構象的變化，將與它結合的溶質轉移到膜的另一側。載體蛋白，是多回旋摺疊的跨膜蛋白質，它與被傳遞的分子特異結合使其越過質膜。其機制是載體蛋白分子的構象可逆地變化，與被轉運分子的親和力隨之改變而將分子傳遞過去。
通道蛋白是衡跨質膜的親水性通道，允許適當大小的離子順濃度梯度通過，故又稱離子通道。通道蛋白是一類橫跨細胞膜,能使適宜大小的分子及帶電荷的分子通過簡單的自由擴散運動,從質膜的一側轉運到另一側的蛋白質。
