通道蛋白不屬於載體蛋白，載體蛋白和通道蛋白都是細胞膜上運輸物質的載體。但載體蛋白既包括主動運輸的蛋白質，也包括協助擴散的蛋白質，載體蛋白相當於結合在細胞膜上的酶，有特異性結合位點，可與底物（溶質）發生暫時的、可逆性的結合和分離，且一種特異性載體只轉運一種型別的分子或離子。而通道蛋白只是協助擴散的蛋白質，它是一類跨越細胞膜雙分子層的蛋白質,它所介導的被動運輸不需要溶質分子與其結合，而是橫跨膜形成親水通道，允許大小適宜的分子和帶電離子通過。通道蛋白可以是單體蛋白，也可以是多亞基組成的蛋白，它們都是通過疏水的氨基酸鏈進行重排，形成水性通道。
